Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт иммунологии и физиологии Уральского отделения Российской академии наук создано на базе Екатеринбургского филиала Института экологии и генетики УрО РАН на основании постановлений Президиума УрО РАН от 5 декабря 2002 г. № 11-4, Президиума РАН от 28 января 2003 г.  № 39 и распоряжения УрО РАН от 17.04.2003 № 53.

   В соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 18 декабря 2007 г. № 274 Институт переименован в Учреждение Российской академии наук Институт иммунологии и физиологии Уральского отделения РАН. Постановлением Президиума РАН от 13 декабря 2011 г. № 262 изменён тип и наименование Института на Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт иммунологии и физиологии Уральского отделения Российской академии наук. 

   В соответствии с Федеральным законом от  27 сентября 2013 г.    № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р

   Учреждение передано в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).